Trong thập niên 1950, ngoài việc tham gia các jubango, Go Seigen tham gia nhiều loạt ba trận đấu đặc biệt với những người giữ danh hiệu Hon'inbo và các kỳ thủ đáng chú ý khác. Đối thủ của ông trong những trận đấu bao gồm nhiều tên tuổi lớn, như Hashimoto Utaro, Sakata Eio, Takagawa Shukaku, và cựu Hon'inbo Iwamoto Kaoru. Go Seigen cũng từng đối đầu với Kubouchi Shuchi, một kỳ thủ đến từ Kansai Ki-in, người có một phong cách cá nhân mạnh mẽ. Trong những trận đấu, Go Seigen đã chứng minh sự thống trị ngang sức ngang tài lên đối thủ của mình. Ông có thành tích đối đầu một cách tuyệt vời trước Takagawa, người từng giành danh hiệu Hon'inbo chín năm liên tiếp. Trong khoảng thời gian từ năm 1951 tới năm 1960, Go thắng tới 22 trận trong số những trận đối đầu, và Takagawa thắng 13 trận. Đến năm 1960, Sakata đã nổi lên như một đối thủ nguy hiểm nhất của Go Seigen, nhưng kết quả các trận đấu của họ từ năm 1950 đến 1960 cũng là tương tự. Go giành 14 chiến thắng so với 9 chiến thắng của Sakata và một jigo, hoặc trận hoà.[4]

Vào thời điểm các trận đấu của ông diễn ra, không có luật komi (trong thời kỳ hiện đại, lợi thế ban đầu của quân đen di chuyển đầu tiên được bù đắp bởi 6,5-7,5 mục bù cho quân trắng, gọi là komi). Trong hoàn cảnh đó, thành tích của Go Seigen càng trở nên nổi bật hơn bao giờ hết, vì ông luôn cầm quân trắng trong hầu hết các trận đấu.[4]

Trận đấu đáng chú ý với Hon'inbo Shusai

Năm 1933, Go Seigen chiến thắng một giải đấu đặc biệt của Nihon Ki-in để có cơ hội tham gia một trận đấu với Hon'inbo Shusai, người đang nắm giữ danh hiệu Meijin - Kỳ nhân. Tại thời điểm đó, Hon'inbo Shusai là hiện thân của quyền lực cao nhất trong giới cờ vây và truyền thống cờ vây ở Nhật Bản. Ngoài kế thừa danh hiệu Hon'inbo, ông cũng là người nắm giữ một vị trí uy tín của Meijin. Trận đấu giữa Go Seigen và Shusai do đó được đánh giá rất cao. Báo chí nghĩ rằng nó sẽ là một ý tưởng kinh doanh tốt để công bố công khai trận đấu như một cuộc đối đầu giữa Nhật Bản và Trung Quốc. Như một hệ quả, Go Seigen trở thành một nạn nhân bất hạnh của chủ nghĩa dân tộc Nhật Bản lúc đó đang phát triển mạnh. Trước và trong trận đấu, ông thường bị quấy rối và đe dọa bởi những người theo chủ nghĩa dân tộc, và các cửa sổ ngôi nhà của ông đã bị đập vỡ.

Trận đấu được tổ chức vào ngày 16 tháng 10 năm 1933, với Go Seigen cầm quân đen và kéo dài trong thời gian gần ba tháng. Trong khai cuộc của trận đấu, Go Seigen tạo ra một bất ngờ bằng việc đi ba nước đầu vào điểm 3 – 3 (tam tam), 4 – 4 (điểm sao) và điểm chính giữa (thiên nguyên). Đây là một khai cuộc fuseki chưa bao giờ xuất hiện trong một trận đấu chuyên nghiệp, và các tờ báo đăng tin sự kiện ghi nhận doanh thu hàng đầu cả trong suốt trận đấu. Điều này đánh dấu một trong những sự kiện khởi xướng thúc đẩy phong trào "Shin Fuseki" bước vào giai đoạn phổ biến.[5]

Trận đấu kết thúc với Hon'inbo Shusai chiến thắng với hai mục hơn. Tuy nhiên, chiến thắng của ông bị bao quanh bởi những tranh cãi. Vào thời điểm trận đấu diễn ra, truyền thống bắt buộc người chơi giữ quân trắng có quyền hoãn trận đấu bất cứ lúc nào, và chưa có việc niêm phong các nước đi trước khi hoãn. Điều này có nghĩa rằng Shusai, là kỳ thủ mạnh hơn trên danh nghĩa và do đó giữ quân trắng, có thể tạm hoãn trận đấu bất cứ khi nào đến lượt mình và tiếp tục cân nhắc về nước đi ở nhà trước khi trận đấu tiếp tục. Shusai lạm dụng đặc quyền này một cách đáng xấu hổ bằng việc dời lại trận đầu hơn mười hai lần, tất cả đều tại thời điểm đến lượt của ông. Ví dụ, vào ngày thứ tám của trận đấu, Shusai đi nước đầu tiên, và Go Seigen đáp trả trong hai phút, sau đó Shusai đã nghĩ ngợi trong vòng ba giờ rưỡi, chỉ đển trì hoãn trận đấu. Một điều không giấu diếm là Shusai, trong suốt thời gian hoãn trận đấu, thảo luận và nghiên cứu trận đấu với các học trò của mình để đưa ra những nước đi tốt nhất. Go Seigen, do vậy, đã bị đưa vào một vị trí đặc biệt bất lợi cho việc phải chiến đấu với toàn bộ tập hợp người thân cận của Hon'inbo.[5]

Shusai thi đấu rất chậm chạp trong suốt trận đấu, cho đến ngày thứ 13 của trận đấu, ông đã thực hiện một nước đi phi thường (W160) mà trong một nước đi duy nhất đã đưa ông trở lại trận đấu và đảm bảo một chiến thắng cho ông. Tuy nhiên, có tin đồn rộng rãi rằng nước đi này không chỉ là do Shusai mà còn là đóng góp của học trò ông - Maeda Nobuaki - là tác giả của nước đi khéo léo này. Ngay cả bản thân Maeda cũng đã phát biểu ám chỉ rằng nước đi này thực sự là ý tưởng của mình. Nhiều năm sau, khi trình bày với các cơ hội để vạch trần tin đồn này, Maeda không xác nhận cũng không phủ nhận điều đó. Trận đấu đó sau này được biết với tên gọi Trận đấu của thế kỷ.[5]

Năm năm sau đó vào năm 1938, Kitani Minoru - người bạn thân nhất của Go Seigen cũng thi đấu một trận đấu đáng chú ý đối với Honinbo Shusai (xem tác phẩm Kỳ nhân của Kawabata Yasunari). Do ảnh hưởng không nhỏ từ những điều được chứng kiến từ trận đấu của Go Seigen với Shusai trước đó, Kitani Minoru yêu cầu các nước đi được niêm phong trước mỗi lần tạm hoãn. Ban đầu, phe của Shusai chống lại điều này, nhưng Kitani kịch liệt giữ nguyên tắc này của mình, và Shusai cuối cùng phải chấp nhận. Kitani thắng trận đấu với một cách biệt rộng rãi 5 mục.[5]